实行药品电子监管，是实施国家基本药物制度的重要内容，关系到医改工作任务的整体推进，关系到药品的质量安全。为认真贯彻落实国务院医改工作部署，根据《国家药品安全“十二五”规划》，新疆维吾尔自治区食品药品监督管理局广泛动员、精心部署，大力推动药品电子监管工作。目前，全区特殊药品监控系统实现了药监、卫生、公安部门信息共享，“六大类”药品和基本药物全品种实现了电子监管，“国家药品监管信息系统一期工程”药品流通监管系统全面铺开。全区64家生产企业、182家批发企业的入网率和上传数据率均实现100%，7156家零售企业（动态变化中）的入网率实现99%，上传数据率达到98%以上。
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