深圳行业协会发展成效显著，但内部法人治理制度缺失严重，存在组织机构设置不健全，协会章程核心地位不足、会员权利不平等，精英主义治理、治理规则供给不足，治理理念不明确等问题。存在这些问题的原因主要包括政府对行业协会法人治理工作重视不够，导致治理制度供给不足，改革配套措施不到位。因此，必须发挥政府的引导作用，制定全面、精细的协会法人治理指引性规则，并加强协会治理的配套制度建设；行业协会也应重视建立健全内部治理制度，形成民主选举、民主决策、民主管理、民主监督，独立自主、依法办会、规范有序的运作机制。
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