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高度复杂硬橡胶树杜仲全基因组测序重要研究进展

文章摘要

杜仲是第四纪冰川留下来的古老树种,也是我国特有的名贵中药材和全世界唯一的硬性橡胶树种,是除三叶橡胶外最具开发潜力的天然橡胶资源和国家战略储备资源。为全面解析杜仲基因组结构、开展重要功能基因的挖掘、探索杜仲的起源和进化、揭示杜仲的遗传密码等,相关研究机构采用鸟枪法并有机结合二代与三代测序技术,完成了杜仲全基因组测序工作,绘制了杜仲基因组精细图。研究结果主要有:杜仲基因组大小约为1.02G,杂合度高达0.9%~1.1%,重复序列高达66%,表现出基因组大、杂合度高、重复序列多等极其复杂的植物基因组特征;通过第二代和第三代测序技术的序列相互矫正和多种组装软件的相互矫正,克服了杜仲基因组的高度复杂性,使Scaffold N50达932Kb,突破了高度复杂基因组Scaffold组装过短的瓶颈;解析了杜仲重要功能基因,注释得到26000多条功能基因和3377多条非编码RNA;发现了大量杜仲胶合成相关基因,鉴定出杜仲橡胶高效积累的关键基因,确定了杜仲橡胶合成的上游调控途径;鉴定了重要活性成分如苯丙素类、黄酮类、α-亚麻酸等合成的基因家族成员;发现了杜仲基因组中拥有耐热、抗寒、抗旱、耐水涝、抗盐碱、抗虫、抗病等逆境胁迫相关基因和转录因子,揭示了杜仲对不同环境能够广泛适应的分子基础;发现了性别决定相关基因,有助于探讨杜仲雌雄异株性别决定模式等。通过对杜仲全基因组序列信息的全面解读,将为高效合成杜仲橡胶、解释杜仲药用成分高效积累机理、提高杜仲抗逆性、破解杜仲性别决定模式、研究杜仲的起源和进化等提供重要的理论依据,对颠覆性突破现代杜仲育种技术、科学指导新型杜仲橡胶资源培育都具有十分重要的里程碑意义。

作者简介

乌云塔娜:女,《中国杜仲橡胶资源与产业发展报告》(2013、2014~2015、2016~2017) 副主编、执行主编,中国林业科学研究院经济林研究开发中心(国家林业局杜仲工程技术研究中心)副主任,教授,首席专家,博士生导师。中国经济林协会杜仲分会副会长兼副秘书长,中国林业产业联合会杜仲产业发展促进会常务理事兼副秘书长。

杜红岩:中国林业科学研究院经济林研究开发中心副主任,研究员,博士生导师,主要研究方向:杜仲育种、高效栽培与利用。

刘慧敏:中国林业科学研究院经济林研究开发中心国家林业局杜仲工程技术研究中心(河南郑州)。

王淋:中国林业科学研究院经济林研究开发中心(国家林业局杜仲工程技术研究中心),郑州,450003。

包文泉:

杜庆鑫:中国林业科学研究院经济林研究开发中心国家林业局杜仲工程技术研究中心(河南郑州),主要研究方向:杜仲育种、高效栽培与利用。