合作社治理产生的根源在于其所有权与控制权的分离。合作社治理的法律基础和逻辑构架是现代委托-代理关系，即全体成员通过成员大会选举产生理事会，形成以全体社员为委托人、理事会为代理人的委托-代理关系；理事会理事选举产生理事长，形成以理事会为委托人、理事长为代理人的委托-代理关系。该问题的核心在于如何设计最优的产权制度和治理结构，既能促使理事会按照全体社员的利益行事，又能有效防止大股东成员侵占中小股东成员利益。实践中我国多数合作社存在大股东控制问题，根据实地调研，41.67%的苹果合作社存在大股东控制问题。大股东主导治理结构设置、控制理事会组成，极易导致普通成员权益被剥夺，并违反合作社经济参与的原则。Fulton（1995）和Cook（1995）认为合作社是财产权定义模糊的成员与投资者的集合，在合作社治理结构复杂的情景中，模糊的产权关系容易导致剩余索取权与决策控制权间的冲突，并诱发合作社治理困境，包括来源局限、视野问题投资组合问题以及外部性、退出壁垒及非市场配置资源问题（Jensen et al.，1979；Vitaliano，1983；Royer，1999）。可见，产权结构设计不合理容易导致合作社治理低效等问题，并表现为成员出资意愿及出资比例偏低、资本来源受限、严重的“搭便车”行为、资本稳定性低以及投资风险大。研究表明，合作社是提高农民组织化程度的基本农业组织方式，也是具有正外部效应的特殊市场主体，因而政府依法规制合作社治理结构及效果，是学术界研究的重要方面（任梅，2012）。在西方发达国家，政府扶持重点是为合作社独立、自主发展建立公共服务平台，营造良好的市场竞争环境，而不是强制性的