2003～2007年，中国扶贫基金会以“深化改革、再次创业”为指导方针，继续推进和深化了机构管理改革。“深化改革、再次创业”方针是在2000～2002年改革启动时期的成果和产生的新矛盾、新问题基础上，为了突破机构发展的瓶颈而提出的。

2000～2002年改革启动时期的主要成果是实现了“去行政化”体制改革，进行了内部管理架构初建；结束了“泛扶贫”，建立了“品牌项目”发展模式。由此带来机构在管理和运作上全面、深刻的变化并取得初步的成效。在机构的内部管理架构改革上，按分工职能型管理模式进行了机构和部门的设置，在运行的过程中收到了很好的效果。但是，随着项目的增多和筹资复杂程度的提升，尤其是管理范围的扩大，这种机构设置遇到了项目职能与人力资源管理、资金筹集、财务管理等公共职能不能适应的尖锐冲突，碰到了新一轮项目整合与专业技术职能分化的冲突，这些冲突导致了管理水平停滞、决策滞后及管理低效等诸多问题。因此进一步改革和调整势在必行。

作为机构管理运作掌控者的秘书长何道峰很早就发现了这个问题。2002年下半年，他发动秘书处和部门负责人就如何解决机构管理运作中的矛盾和问题进行了讨论和互动交流。2002年底，何道峰秘书长在总结大家意见的基础上，拟定了名为“深化改革、再次创业”的机构下一步改革与发展方案。该方案对下一时期基金会的机构设置、制度建设、能力提升和人事安排重新进行了全面规划和行动部署。

2003年3月召开的中国扶贫基金会第四届三次理事会批准了秘书处提出的机构深化改革方案，确立了2003～2007年中国扶贫基金会“深化改革、再次创业”的机构发展总方针，使机构走向了管理的专业化和科学化，进而推动了机构