20世纪80年代中后期，中央在森严的金融管制旁边开了一个口子，允许乡村基层组织、农村信用社、农村供销社兴办合作基金会，希望农民在社区内相互调剂资金，发展农业和工商业，活跃市场交易，增加农民收入和农产品供给。中央政策将农村合作基金会定位于社区性资金互助组织。然而，因为无法监管，基层政府直接将合作基金会中农民的存款用于高风险建设项目、乡镇政府开支甚至个人消费。结果，合作基金会呆账、坏账大量产生，相当多的农民血本无归，农村社会冲突频繁发生。1999年，中央以扰乱金融市场秩序为由关闭了农村合作基金会。由于呆账、坏账没有能够得到及时处理，农村金融市场多年萎靡，农民为讨债而不断申诉、上访。
因地方政府扭曲农村政策为自己谋利，最终迫使中央政府废弃该项政策的事例不只是农村合作基金会，乡村“三提五统”政策、粮食贸易管制政策等亦是如此。2006年以来中央推行的社会主义新农村建设运动正面临着同样的命运，“村容整洁”已蜕变为地方政府驱赶农民上楼、掠夺农民宅基地的借口，中央政府用于兴建农村水利、道路等的专项资金被各级政府和部门克扣、挪用，甚至贪污。在中国这样一个中央高度集权的行政体制中，农村政策是党和中央政府在农村的意志体现，地方政府对农村政策的扭曲破坏了中央的权威。在上级党委握有下级政府主要负责人任命权的行政系统中，为什么会普遍发生扭曲农村政策这一逆中央意志而行事的现象？
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