1993年，柳州市科技机构延续上年的设置，设有办公室、科技干部管理科、科技计划业务科、综合计划科、条件财务科、高新技术科、农业科、科技外事科和政工科等9个职能科室，核定编制37人。称柳州市科委。至1997年，柳州市科委职能科室仍为9个，除办公室、综合计划科和条件财务科称谓不变外、其他科室更名为；人事教育科、国际科技合作科（加挂“市对外科技交流中心”牌子）、工业科技科（加挂“市火炬办公室”牌子）、农业科技科（加挂“市星火办公室”牌子）、科技市场管理科和社会发展与科学技术普及科，核定编制减为35人。机关后勤、老干部服务人员事业编制4人。2001年10月，柳州市科委更名为柳州市科技局。同时加挂知识产权局牌子，明确柳州市科技局是主管科技工作的市人民政府工作部门，负责全市科技行政及知识产权管理工作，设有职能科室8个，分别是：办公室、条件财务科，政策法规与综合计划科、工业科技科、农业科技科、科技合作与成果管理科和社会发展科技科，局机关核定编制减为29人。这样的编制和设置一直沿用至今。1993年的柳州市科技局下属的机构有：柳州市自动化科学研究所、柳州市科学技术情报研究所、柳州市专利事务所，这些下属机构除自动化科学研究所一直保持不变外，市科学技术情报研究所于1997年10月加挂市生产力促进中心牌子至今，1998年4月市科学技术开发交流中心，市科学技术培训中心并入，但对外仍保留这块牌子。市数据机床研究所于2006年整体并入长虹机器制造公司。到2006年底，柳州市科技局的下属机构只有：柳州市自动化科学研究所、柳州市科学技术情报研究所（内含市生产力促中心、市技术开发中心、市科技培训中心）。