基于云南省40个生态脆弱县的全样本数据，运用DEA-BCC模型、Moran’s I指数、地理加权回归模型探究云南省生态脆弱县经济效率的空间属性和影响因素，为提升区域抵御内外部风险能力，稳定脱贫成效，加快乡村振兴步伐，步入高质量发展之列服务。研究结果表明：（1）云南省40个生态脆弱县的平均经济效率处于中上水平，其中乌蒙山区和滇西边境山区的经济效率较低。（2）云南省生态脆弱县经济效率的空间集聚性弱，近似随机分布，且生态脆弱县主要分布在云南省边缘地带。（3）县域经济效率主要受到务工人口数占比、村集体收入、人均耕地面积等的影响，尽管不同区域的主导因素有所区别，但经济发展总体处于“U”型关系的前端，县域规模效益还未彰显。由此建议通过进一步提高帮扶投入精准度，加强普通教育、职业教育和技能培训，壮大集体经济，推进县域经济效率的提升。