任何机构的改革都要涉及机构的管理体制和运行机制两个层面。中国扶贫基金会通过体制改革完成“去行政化”成为真正的社会公益组织并初步建立由以会长会议为代表的决策层和以秘书长为代表的管理层构成的法人治理结构后，开始了机构管理机制的改革。任何机构的管理都涉及对组织、人员、业务、财务的管理，其中人员管理是起点，业务活动管理是中心，财务管理是核心，中国扶贫基金会的管理机制...

2008年，中国扶贫基金会第五届四次理事会制定了“筹资型、国际化”的机构发展新战略。在机构发展新战略确定后，机构领导层对筹资开发部门及其工作进行了调整和加强，逐步建立起了适应机构发展新战略的组织架构和工作措施，有力地促进了机构筹资开发工作的发展，进而推动了机构事业的全面发展，为机构在2008～2015年的腾飞奠定了坚实的物质基础。

2003～2007年，中国扶贫基金会以“深化改革、再次创业”为指导方针，继续推进和深化了机构管理改革。“深化改革、再次创业”方针是在2000～2002年改革启动时期的成果和产生的新矛盾、新问题基础上，为了突破机构发展的瓶颈而提出的。2000～2002年改革启动时期的主要成果是实现了“去行政化”体制改革，进行了内部管理架构初建；结束了“泛扶贫”，建立了“品牌项...