1978年12月，党的十一届三中全会召开，拉开了改革开放的序幕，改革很快便辐射到了农村地区。其中，家庭联产承包责任制、财政制度改革（以及行政体制改革）和医疗卫生体制改革对农村卫生事业产生了巨大影响。具体体现在以下三个方面。

第一，在此前的农村三级医疗卫生组织网络体系中，县级医疗机构和县级卫生机构是全民所有制的卫生事业单位，其机构的经费来源主要是国家财政拨款；而乡、村两级医疗卫生机构则大都属于集体所有制的卫生机构（少部分中心卫生院属于全民所有制），因此社队集体经济往往是这些卫生机构的主要拨款来源。家庭联产承包责任制改革以后，家庭经营成为主要经营模式，绝大多数农村的集体经济受到了严重削弱，直接造成乡、村两级医疗卫生机构的拨款骤减。

第二，财政包干制改革重新厘定了中央政府与地方政府的责权利关系，而地方政府之间的关系厘定也参照了这种财政包干的基本模式。依照卫生事业分级管理的既有体制，基层农村医疗卫生事业的建设和发展主要是基层政府的责任，然而，经济发展的责任也同样属于基层政府。此时，财政资源极为有限的基层政府对经济建设的高度重视在一定程度上削弱了其对卫生事业的积极性。对于以经济建设为中心的基层政府而言，基层卫生事业构成了一种财政上的“包袱”。

第三，此时的国家医疗卫生体制改革参照了以“放权让利”为主要内容的国企改革的思路，引入了市场机制；改革卫生事业的运行机制，扩大了卫生机构的自主权，调动了卫生机构和卫生人员的积极性。不过，由于扩大卫生机构的自主权是在政府“甩包袱”的背景下进行的，政府对卫生事业的管理和监督普遍较为松懈，因此在改革的过程中也曾经出现了一些乱象，产生了严重的问题。

农村改革与乡村医