近年来，祁连山自然生态环境持续恶化，严重影响了区域内及其周边，甚至整个西部地区人民的生产生活。对此，国家为修复祁连山脆弱生态环境，将区域内失去生存条件或者严重影响生态恢复的群众进行生态移民，使脆弱的生态环境得以喘息。但是生态移民使生态保护与人的发展相割裂，这与人与自然的和谐统一相违背。对不得不实施生态移民的地区，要保障迁出群众的生活水平、帮助迁出群众融入现代社会，解决其后顾之忧；对其他地区群众，可以在国家公园内实施“社区共管”机制，将保护区内的居民最大限度地转化为“生态民”，让农牧民参与到生态环境保护中；对于生态环境工程建设，要在建设中吸取经验，对于部分地区不合时宜的围栏，要及时拆除。截至2019年，生态移民和移民后续工作正在有序进行，生态工程建设成效显著。
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