2020年，重庆市及各区县（自治县）、两江新区、万盛经开区共有审计机关41个。市审计局内设办公室、政策研究室、审计计划管理处（审计整改督查处）、法规审理处、内部审计指导监督处、重庆市经济责任审计工作联席会议办公室、电子数据审计处、重大政策执行审计一处、重大政策执行审计二处、财政审计一处、财政审计二处、财政审计三处、农业农村审计处、投资审计一处、投资审计二处、社会保障审计处、自然资源和生态环境审计处、金融审计处、企业审计一处、企业审计二处、企业审计三处、经济责任审计一处、经济责任审计二处、组织人事处、财务处、机关党委（与机关工会、机关团委合署办公）、离退休人员工作处27个职能处室，另有1个参公管理事业单位——重庆市审计中心。市委审计委员会办公室设在市审计局，下设秘书处负责日常工作。
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